Fiz o pagamento da minha dívida, mas ainda aparece no Registrato.

O Registrato não é atualizado em tempo real. 
As instituições financeiras enviam as informações ao Banco Central apenas uma vez por mês, o que pode causar atraso na atualização. 

Se você pagou ou renegociou sua dívida, é preciso aguardar até o final do mês seguinte para que a regularização apareça no relatório. 

Atenção: 

• A dívida só deixa de constar como vencida quando estiver totalmente quitada. 

• Pagamentos parciais ou renegociações podem manter a dívida como vencida até o pagamento integral. 

Além disso, o Registrato mantém um histórico dos últimos 5 anos. Isso significa que, mesmo após o pagamento, os meses em que houve atraso continuarão aparecendo como registro histórico. 

Somente nos meses seguintes à quitação total é que o atraso deixará de constar. 
Saiba mais no site do Banco Central: 
https://www.bcb.gov.br/meubc/faqs/p/prazo-de-atualizacao-do-relatorio6