Fiz acordo com a Recovery. Mesmo assim posso ser protestado?

Sim, dependendo da situação. 

Se você recebeu a carta-boleto do cartório, o pagamento para evitar que o protesto seja efetivado deve ser feito por meio dessa carta-boleto, dentro do prazo informado. 

Caso o pagamento seja feito diretamente para a Recovery, mesmo dentro do prazo do cartório, isso pode não interromper automaticamente o processo de protesto, pois a lavratura já pode estar em andamento no cartório. 

Nessa situação, a dívida pode ser regularizada com a Recovery, mas, caso o protesto seja efetivado, o devedor ainda deverá tratar as custas e emolumentos cartorários para concluir a baixa ou regularização do protesto.